در آبان ماه 1378 چهار شهروند جمهوري اسلامي ايران طي شكايتي به ديوان عدالت اداري خواستار ابطال اين دو مصوبه مي گردند و اعلام مي دارند كه اين دو مصوبه مغاير اصول،4 ،36 ،61 ،90،159،173 قانون اساسي و و خارج از صلاحيت مرجع تصميم گيرنده و خلاف شرع مي باشد. 
دبير شوراي عالي انقلاب فرهنگي در پاسخ به استعلام ديوان چنين اعلام مي دارد: «در ابتداي كار شوراي انقلاب فرهنگي زماني كه ضوابط گزينش دانشجو و كميته انضباطي دانشجويان در دست تصويب بود،با توجه به اينكه مسئله ماهيت قضايي داشته و برخي موارد مستلزم دستور توبيخ،مجازات و سلب مزايا و برخي حقوق از دانشجويان است، ضروري تشخيص داده شد كه طبق نامه شماره9718، 1 مورخ29/11/1363رياست محترم شوراي عالي انقلاب فرهنگي وقت از حضرت امام كسب تكليف نموده تا حدود اختيارات شوراي عالي را در اين زمينه مشخص نمايند.همانطور كه در پي نوشت نامه آمده است حضرت امام قدس سره ضوابط و قواعدي را كه شوراي عالي وضع مي نمايد در حد قانون دانسته و فرموده اند كه به آنها بايد ترتيب اثر داده شود.»(روزنامه رسمي شماره 1606 تاريخ 28/11/1378) 
همچنين شوراي نگهبان نيز در تاريخ18/9/1370 در خصوص ادعاي خلاف شرع بودن مصوبه هشتادوسو مين جلسه مورخ11/6/1365 شوراي انقلاب فرهنگي چنين اظهار نظر نموده است :«همانگونه كه در متن مصوبه مذكور امده است، چون اين مصوبه با استفاده از اذن مقام معظم رهبري حضرت امام (قدس سره الشريف) وضع شده است، فلذا خلاف شرع نمي باشد.» (روزنامه رسمي شماره 1606 تاريخ 28/11/1378) 
جالب است كه بدانيم شوراي عالي انقلاب فرهنگي مصوبه هشتادوسو مين جلسه مورخ 11/6/1365 را براي جلوگيري از نقض تصميمات گزينش و كميته انضباطي دانشگاهها توسط مراجعي مثل كميسيون اصل نود مجلس شوراي اسلامي ، بازرسي كل كشور و ديوان عدالت اداري تصويب و صادر نموده بود.در اين مصوبه چنين آمده است:«بنابه تقاضاي هيات مركزي گزينش دانشجو در مورد كسب توضيح پيرامون ضوابط گزينش دانشجو اعلام گرديد كه هيات مركزي گزينش دانشجو در بررسي صلاحيت داوطلبان از نظر سياسي به صورت مورد مورد برخورد نمايد و در صورتي كه داوطلبي عملا بر ضد نظام جمهوري اسلامي باشد و يا صريحا عدم قبول نظام را بنمايد، مردود شود.»(مجموعه مصوبات شوراي عالي انقلاب فرهنگي سالهاي 63-67 اداره كل قوانين و مقررات كشور ص99) 
همچنين شوراي انقلاب فرهنگي نيز در تاريخ 25/12/1377 در جلسه 439 خود در پي استفسار ديوان عدالت اداري در خصوص قابليت يا عدم قابليت تجديد نظر در احكام و آراي تنبيهي صادره از كميته انضباطي دانشگاهها مقرر نمود: 
« احكام و آراي تنبيهي صادره از كميته انضباطي دانشگاهها،غير قابل رسيدگي در ديوان عدالت اداري است. »(مجموعه قوانين سال 77، روزنامه رسمي كشور ص 848) 
پس از طرح شكايتي به خواسته ابطال دو مصوبه مذكور از طرف چند شهروند ايراني، هيات عمومي ديوان عدالت اداري در يك اقدام اصولي راي خود را به شرح زير انشاء و اصدار نمود: 
« قانون اساسي جمهوري اسلامي ايران با تثبيت قاعده تفكيك و استقلال قواي مقننه ، مجريه و قضاييه از يكديگر وضع قانون در عموم مسايل را به شرح دو اصل 58 و71 به مجلس شوراي اسلامي و در حد مقرر در اصل 112 به مجمع تشخيص مصلحت نظام اختصاص داده است كه با اين وصف اطلاق قانون و يا تعميم مطلق وجوه مميزه آن به مقررات موضوعه ساير واحدهاي دولتي از جمله مصوبات شوراي انقلاب فرهنگي مبناي حقوقي و وجاهت قانوني ندارد و اين قبيل مصوبات از مقوله تصويب نامه ها و آيين نامه ها و نظامات دولتي محسوب و در صورت عدم مخالفت با احكام شرع و قوانين و خارج نبودن از حدود اختيارات قوه مجريه معتبر و متبع است. همچنين قانون اساسي با تاسيس مرجع قضايي نوين ديوان عدالت اداري به شرح اصل 173 رسيدگي به شكايات و تظلمات و اعتراضات مردم نسبت به مامرين يا واحدها يا آيين نامه هاي دولتي و احقاق حقوق آنان را در صلاحيت ديوان مذكور قرار داده و حدود صلاحيت و اختيارات ان را به حكم قانونگذار موكول كرده است كه بر اساس آن قانون ديوان عدالت اداري در تاريخ 4/11/1363 به تصويب رسيده و به موجب ماده 11 اين قانون رسيدگي به اعتراضات اشخاص نسبت به مصوبات و نظامات دولتي و تصميمات و آراي قطعي مراجع غير قضايي از قبيل دادگاههاي اداري، شوراها، كميسيونها و هياتها ازجهات مقرر در قانون از جمله تكاليف ديوان اعلام شده است. نظر به اينكه فرمان مورخ 6/12/1363 حضرت امام خميني رضوان الله تعالي عليه مفيد جواز وضع ضوابط وقواعد خاص به منظور تنظيم و تنسيق امور مربوط به دانشگاهها و مؤسسات اموزش عالي و نحوه گزينش و امور انضباطي دانشجويان است و متضمن اذن وضع مقررات خارج از حدود امور مذكور و يا مغاير قانون اساسي و قوانين مصوب مجلس شوراي اسلامي از جمله سلب حق رسيدگي به شكايات توسط مراجع قضايي ونفي صلاحيت انان نمي باشد،مصوبه هشتادمين جلسه مؤرخ 11/6/1365 ومصوبه جلسه 439 مؤرخ 25/12/1377 شوراي انقلاب فرهنگي مبني بر سلب حق تظلم و دادخواهي به مرجع قضايي صالح در خصوص مورد و نفي صلاحيت ديوان عدالت اداري در رسيدگي به اعتراضات نسبت به احكام هيات مركزي گزينش دانشجو و كميته انضباطي دانشجويان مغاير اصول و مواد قانوني فوق الذكر تشخيص داده مي شود و به استناد قسمت دوم ماده 25 قانون ديوان عدالت اداري دو مصوبه مذكور ابطال مي گردد. (روزنامه رسمي شماره 1606 تاريخ 28/11/1378)»